南京同仁堂藥業有限責任公司歷史悠久，其前身是北平同仁堂京都樂家老鋪南京分號，于1926年在南京開業,1955年更名為公私合營南京同仁堂國藥號股份有限公司，1957年定名為南京同仁堂制藥廠。1998年，改制組建南京同仁堂藥業有限責任公司。

        2000年按國家行業管理的要求，公司投巨資進行GMP改造，引進了片劑、丸劑、膠囊劑、顆粒劑、口服液等劑型的生產線。2002年11月，九個劑型一次性通過國家GMP認證。公司持續獲得國家“高新技術企業”殊榮。2018年，公司在浦口南京生物醫藥谷建成占地154畝新廠區，生產自動化程度顯著提升、產品質量精確可控，加快了企業科技發展步伐，使中成藥的技術含量得到大幅度提升。

        2013年南京同仁堂深化改革，創新營銷模式，在短時間內完成組建了3000多人的專業銷售團隊。數據顯示，2013-2018年，南京同仁堂復合增長率達到70%以上。南京同仁堂品牌認知度和美譽度迅速提升，獲得全國十大醫藥營銷案例，中國OTC市場年度營銷青銅獎，入選年度中國OTC企業品牌年度榜百強榜，被國家食品藥品監督管理總局南方醫藥經濟研究所評為“中國醫藥中華老字號品牌禮贊企業”，安宮牛黃丸、養血補腎丸、六味地黃丸等拳頭產品多次蟬聯“中國藥品零售市場最具魅力品牌”，“中國制藥品牌榜新銳品牌榜”，“健康中國品牌榜”銳榜，“中國醫藥最具成長力產品品牌”，南京同仁堂的產品遍布全國，走進了千家萬戶。